Análise das alterações genéticas e epigenéticas dos tumores gástricos infectados por Helicobacter pylori e v rus Epstein-Barr

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Alterações genéticas e epigenéticas em meningiomas na população paraense

Os meningiomas são os tumores intracranianos mais frequentes, originando-se das meninges que revestem o cérebro e cordão espinhal. Apesar de terem sido um dos primeiros neoplasmas sólidos estudados citogeneticamente, ainda são escassos os estudos genéticos e epigenéticos nesses tumores. O presente trabalho teve como objetivo investigar alterações genéticas e epigenéticas que pudessem contribuir na iniciação e progressão tumoral em meningiomas na população paraense. Essa tese está subdivida em três capítulos. No Capítulo I foi investigada a associação entre o polimorfismo MTHFR C677T e meningioma em 23 pacientes da população paraense, utilizando 96 indivíduos sem histórico de lesões pré-neoplásicas como grupo controle. Essa associação não foi encontrada, apesar de sugerir um aumento não estatisticamente significante no risco de desenvolver meningioma em portadores do genótipo TT quando comparados ao genótipo CC. No Capítulo II foi avaliado o padrão de metilação em duas famílias do microRNA124 em meningiomas na população paraense. Hipermetilação na região promotora de miRN124a2 e miRNA124a3 parece ser um evento frequente, uma vez que foi encontrada em 73,9% e 69,56% das amostras analisadas, respectivamente. No Capítulo III, foi analisado o padrão de metilação dos genes APC, BRCA1, CDH1, CDH13, CDKN2A, DAPK1, ESR1, FHIT, GSTP1, MGMT, MLH1, NEUROG1, PDLIM4, PTEN, RARB, RASSF1, RUNX3, SOCS1, TIMP3, TP73, VHL e WIF1 em um meningioma de grau I e um de grau II através de uma placa comercial desenvolvida através da tecnologia MethylScreen. O padrão de metilação do gene CDKN2B também foi analisado na amostra coletada em 25 pacientes com meningioma através da conversão por bissulfito, PCR e sequenciamento direto. O gene RASSF1A apresentou-se metilado em 16,73% e 63,66% dos sítios CpGs analisados na amostra de meningioma de grau I e grau II, respectivamente. O gene RUNX3 se apresentou metilado apenas na amostra de grau II em 52,88% dos sítios CpG analisados. Nossos resultados apontam a importância das alterações epigenéticas na tumorigênese e progressão tumoral em meningiomas.

Alterações epigenéticas e do número de cópias do gene SFN em carcinomas mamários

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Genética) - IBB

Efeito da terapia antituberculose na expressão dos receptores TLR-2 e 4, do fator de transcrição Foxp3, da Óxido Nítrico Sintase Induzível, no perfil de citocinas e nas alterações genóticas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Alterações genéticas relacionadas à obesidade: danos no DNA, perfil de expressão e polimorfismos gênicos

Pós-graduação em Patologia - FMB

Estudo das alterações genéticas da Interleucina 28B em Astrocitomas

Pós-graduação em Pesquisa e Desenvolvimento (Biotecnologia Médica) - FMB

Alteraciones genéticas y epigenéticas en el cáncer de endometrio

Programa de doctorado: Cáncer: biología y clínica.

Alterações genéticas com interesse prognóstico nas doenças mieloproliferativas crónicas bcr-abl negativas

Trabalho Final do Curso de Mestrado Integrado em Medicina, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2014

Characterization of adenosinergic system in Rett syndrome

Tese de mestrado, Neurociências, Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa, 2015

Expressão imunoistoquímica de EGFR e PTEN em displasias epiteliais oriais

A displasia epitelial (DE) oral é uma desordem potencialmente maligna (DPM), cujo diagnóstico e gradação histológica se baseiam nas suas alterações arquiteturais e citológicas. Para avaliar o risco de transformação maligna dessas lesões de forma mais precisa é fundamental entender e localizar alterações genéticas e epigenéticas nas células displásicas, as quais podem ajudar a compreender melhor a progressão para a malignidade. Dessa forma, o presente estudo objetivou avaliar a imunoexpressão de EGFR e PTEN nas DEs orais e relacionar esse aspecto com as características clínicas e gradação histológica pelo sistema binário (baixo e alto risco de transformação maligna). Para tanto, foram selecionados 20 casos de DE de alto risco e 20 de baixo risco para serem submetidos à análise imunoistoquímica para os biomarcadores supracitados. A imunomarcação de cada caso foi avaliada semiquantitativamente através de escores e quanto à localização nos estratos epiteliais. A análise estatística foi realizada através dos testes de Mann-Whitney, Qui-quadrado de Pearson, Exato de Fisher e de correlação de Spearman com nível de significância estabelecido em 5%. Os resultados mostraram que 57,5% dos pacientes eram do gênero feminino, a média de idade foi de 57,5 anos, 42,5% foram diagnosticados clinicamente como leucoplasia e a maioria dos casos foi proveniente de lesões localizadas na língua (32,5%). De forma geral, gênero e idade não exerceram influência na imunoexpressão do EGFR e PTEN. A expressão do EGFR foi observada em 100% dos casos, nos quais houve predomínio do escore 3 (75%) e imunoreatividade em todas as camadas epiteliais (55%), independente da gradação histológica (p = 0,453 e p = 0,204, respectivamente). O PTEN revelou positividade de marcação em 87,5% dos casos, nos quais observou-se predomínio do escore 0 (55%) e imunoreatividade limitada à camada basal (40%), porém sem diferenças significativas entre os grupos histológicos (p = 0,904 e p = 0,915, respectivamente). Por fim, quando analisados, em conjunto, os 40 casos de DEs, foi observada uma fraca correlação positiva, estatisticamente significativa, entre os padrões de imunoexpressão do EGFR e do PTEN (r = 0,317; p = 0,046). Com base nesses resultados, alterações no padrão de expressão do EGFR e PTEN sugerem que essas proteínas participam de processos moleculares relacionados com a carcinogênese em mucosa oral

Análise de metilação da região promotora do gene RASSF1 em linhagens celulares derivadas de carcinomas mamários

O câncer de mama é o tipo de neoplasia que mostra as maiores taxas de mortalidade entre as mulheres no Brasil, provavelmente pelo fato de que, na maioria dos casos, a doença é diagnosticada em estadios avançados, dificultando o sucesso do tratamento. Dessa forma, essa doença é considerada um problema crítico de saúde pública. O câncer é uma doença que se caracteriza por sucessivas alterações genéticas e epigenéticas que causam um crescimento e multiplicação celular desordenados. A hipermetilação da região promotora de genes específicos pode levar ao silenciamento gênico, um evento importante no processo da carcinogênese. Este estudo analisou o padrão de metilação da isoforma RASSF1A do gene RASSF1 em linhagens celulares derivadas de carcinoma mamário. Esse gene está mapeado na região cromossômica 3p21.3 e, segundo dados da literatura, atua como supressor tumoral. O principal objetivo desse estudo foi investigar a presença de hipermetilação na região promotora desse gene em linhagens celulares de carcinomas mamários. Para a realização dessa análise foi empregada a metodologia de MSP (Methylation-specific Polymerase Chain Reaction) convencional e de qMSP (Methylation-Specific Polymerase Chain Reaction quantitativa em tempo real). Todas as linhagens de carcinomas mamários analisadas no estudo (MCF7, MDA-MB-231, MDA-MB-453, MDA-MB-134 e SKBR3) apresentaram um padrão hipermetilado na região promotora do gene RASSF1 corroborando com dados da literatura que relacionam a inativação desse gene à hipermetilação do promotor. Estes dados, associados aos obtidos em uma análise paralela realizada em nosso laboratório que demonstrou a re-expressão do gene RASSF1 após o tratamento com o agente desmetilante 5 aza 2’desoxicitidina, confirmam a regulação epigenética desse gene supressor tumoral

Efeito Diabetes mellitus gestacional na modulação de genes relacionados ao metabolismo mitocondrial e a implicação na predisposiçao do recém-nascido à obesidade

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Investigação de mecanismos genéticos e epigenéticos em distúrbios do crescimento humano

Parcela considerável de pacientes com distúrbios de crescimento não têm a causa de seus quadros clínicos estabelecida, incluindo aproximadamente 50% dos pacientes com diagnóstico clínico de síndrome de Silver−Russell (SRS) e 10-20% dos pacientes com síndrome de Beckwith-Wiedemann (BWS). O objetivo deste estudo foi investigar as causas genéticas e epigenéticas de distúrbios de crescimento, de etiologia desconhecida, numa contribuição para o entendimento de mecanismos que regulam o crescimento. O estudo compreendeu: (1) a investigação de microdesequilíbrios cromossômicos, por aCGH; (2) a análise do perfil de expressão alelo-específica de genes sujeitos a imprinting (IG), por pirossequenciamento (PSQ) ou sequenciamento de Sanger; (3) a investigação do padrão de metilação global em pacientes com restrição de crescimento, utilizando microarray de metilação. A casuística constituiu-se de 41 pacientes não aparentados, com distúrbios de crescimento, de etiologia desconhecida: (1) 25, com hipótese diagnóstica de SRS; (2) seis, com restrição de crescimento intrauterino e peso ao nascimento abaixo do 10º percentil, associados a outros sinais clínicos; (3) sete, com hipótese diagnóstica de BWS; e (4) três, com macrossomia pré-natal ou pós-natal, associada a outros sinais. A investigação de microdesequilíbrios cromossômicos foi realizada em 40 pacientes. Foram detectadas 58 variantes raras em 30/40 pacientes (75%): 40 foram consideradas provavelmente benignas (18 pacientes, 45%), 12, com efeito patogênico desconhecido (11 pacientes, 27,5%), duas, provavelmente patogênicas (um paciente, 2,5%) e quatro, patogênicas (três pacientes, 7,5%). Essas frequências são comparáveis àquelas descritas em estudos que investigaram CNV em grupos de pacientes com distúrbios de crescimento e outras alterações congênitas, incluindo SRS, e mostram a importância da investigação de microdesequilíbrios cromossômicos nesses pacientes. A diversidade dos microdesequilíbrios cromossômicos identificados é reflexo da heterogeneidade clínica das casuísticas. Neste estudo, muitos dos pacientes com hipótese diagnóstica de SRS e BWS apresentavam sinais clínicos atípicos, explicando a ausência neles das alterações (epi)genéticas que causam essas síndromes. A identificação de CNV características de outras síndromes reflete a sobreposição de sinais clínicos com BWS e SRS. A análise do perfil de expressão alelo-específica de IG foi realizada em um subgrupo de 18 pacientes com restrição de crescimento. Trinta IG com função em proliferação celular, crescimento fetal ou neurodesenvolvimento foram inicialmente selecionados. Após seleção de SNP transcritos com alta frequência na população, genotipagem de pacientes, genitores e indivíduos controle, determinação da expressão dos IG em sangue periférico e seu padrão de expressão (mono ou bialélico), 13 IG, expressos no sangue, tiveram a expressão alelo-específica avaliada, sete deles por PSQ e seis por sequenciamento de Sanger. Alterações no perfil de expressão de dois genes, de expressão normalmente paterna, foram detectadas em 4/18 pacientes (22%). Este estudo é o primeiro a utilizar pirossequenciamento e sequenciamento de Sanger na avaliação do perfil de expressão alelo-específica de IG, em pacientes com restrição de crescimento. Apesar de terem limitações, ambas as técnicas mostraram-se robustas e revelaram alterações de expressão alélica interessantes; entretanto, a relação dessas alterações com o quadro clínico dos pacientes permanece por esclarecer. A investigação da metilação global do DNA foi realizada em subgrupo de 21 pacientes com restrição de crescimento e em 24 indivíduos controle. Dois tipos de análise foram realizados: (1) análise diferencial de grupo e (2) análise diferencial individual. Na primeira análise, em que foi comparado o padrão de metilação do grupo de pacientes com quadro clínico sugestivo de SRS (n=16) com o do grupo controle (n=24), não houve indicação de hipo ou hipermetilação global no grupo SRS. Na segunda análise, foi comparado o padrão de metilação de cada um dos 21 pacientes com restrição de crescimento e dos 24 indivíduos controle, com o padrão de metilação do grupo controle. O número médio de CpG hipermetilados e de segmentos diferencialmente metilados (SDM) foi significativamente maior nos pacientes. Foram identificados 82 SDM hipermetilados, estando 57 associados a gene(s) (69,5%), em 16 pacientes, e 51 SDM hipometilados, 41 deles associados a gene(s) (80,4%), em 10 pacientes. A análise de ontologia genética dos 61 genes associados aos SDM hipo ou hipermetilados nos pacientes destacou genes que atuam no desenvolvimento e na morfogênese do sistema esquelético e de órgãos fetais, e na regulação da transcrição gênica e de processos metabólicos. Alterações de metilação em genes que atuam em processos de proliferação e diferenciação celulares e crescimento foram identificadas em 9/20 dos pacientes (45%), sugerindo implicação clínica. Não foi detectada alteração epigenética comum aos pacientes com diagnóstico clínico de SRS, explicável provavelmente pela heterogeneidade clínica. A investigação de metilação global, utilizando microarray, produziu novos dados que podem contribuir para a compreensão de mecanismos moleculares que influenciam o crescimento pré- e pós-natal. Na translocação aparentemente equilibrada - t(5;6)(q35.2;p22.3)dn, detectada em paciente com suspeita clínica de SRS, a interrupção de um gene, pela quebra no cromossomo 6, pode ser a causa do quadro clínico; alternativamente, a translocação pode ter impactado a regulação de genes de desenvolvimento localizados próximos aos pontos de quebra. A análise de expressão em sangue periférico mostrou que os níveis de cDNA do gene, interrompido pelo ponto de quebra da translocação, estavam reduzidos à metade. Além de sinais típicos da SRS, a paciente apresentava algumas características clínicas sugestivas de displasia cleidocraniana. Assim, a translocação t(5;6) pode ter alterado a interação de genes de desenvolvimento e seus elementos reguladores, levando à desregulação de sua expressão espaço-temporal, e resultando num fenótipo atípico, com características sobrepostas de mais de uma síndrome genética

From genes to radioresistance in head and neck squamous cell carcinoma

Head and Neck Cancers (HNC) are a group of tumours located in the upper aero-digestive tract. Head and Neck Squamous Cell Carcinoma (HNSCC) represent about 90% of all HNC cases. It has been considered the sixth most malignant tumour worldwide and, despite clinical and technological advances, the five-year survival rate has not improved much in the last years. Nowadays, HNSCC is well established as a heterogeneous disease and that its development is due to accumulation of genetic events. Apart from the majority of the patients being diagnosed in an advanced stage, HNSCC is also a disease with poor therapeutic outcome. One of the therapeutic approaches is radiotherapy. However, this approach has different drawbacks like the radioresistance acquired by some tumour cells, leading to a worse prognosis. A major knowledge in radiation biology is imperative to improve this type of treatment and avoid late toxicities, maintaining patient quality of life in the subsequent years after treatment. Then, identification of genetic markers associated to radiotherapy response in patients and possible alterations in cells after radiotherapy are essential steps towards an improved diagnosis, higher survival rate and a better life quality. Not much is known about the radiation effects on cells, so, the principal aim of this study was to contribute to a more extensive knowledge about radiation treatment in HNSCC. For this, two commercial cell lines, HSC-3 and BICR-10, were used and characterized resorting to karyotyping, aCGH and MS-MLPA. These cell lines were submitted to different doses of irradiation and the resulting genetic and methylation alterations were evaluated. Our results showed a great difference in radiation response between the two cell lines, allowing the conclusion that HSC-3 was much more radiosensitive than BICR-10. Bearing this in mind, analysis of cell death, cell cycle and DNA damages was performed to try to elucidate the motifs behind this difference. The characterization of both cell lines allowed the confirmation that HSC-3 was derived from a metastatic tumour and the hypothesis that BICR-10 was derived from a dysplasia. Furthermore, this pilot study enabled the suggestion of some genetic and epigenetic alterations that cells suffer after radiation treatment. Additionally, it also allowed the association of some genetic characteristics that could be related to the differences in radiation response observable in this two cell lines. Taken together all of our results contribute to a better understanding of radiation effects on HNSCC allowing one further step towards the prediction of patients’ outcome, better choice of treatment approaches and ultimately a better quality of life.

Alterações citogenéticas em portadores de desordens potencialmente malignas e carcinoma oral

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)